Hashimotov tireoiditis (HT) najčešći je oblik autoimune bolesti štitnjače. Glavno obilježje HTa jest kronična upala i smanjena funkcija štitnjače. Trenutno znanje o genetskim čimbenicima uključenim u razvoj HT-a je ograničeno, te dosad nije provedena nijjedna cjelogenomska studija povezanosti fokusirana isključivo na HT. S ciljem otkrivanja genetičkih odrednica HT-a, proveli smo prvu cjelogenomsku analizu povezanosti HT-a praćenu replikacijom u ukupno 1443 ispitanika iz Hrvatske, uključujući 708 ispitanika oboljelih od HT-a i 735 ispitanika iz kontrolne skupine. Početna skupina sastojala se od 430 ispitanika oboljelih od HT-a i 439 kontrola koji pripadaju splitskoj regiji. Dijagnoza bolesti prvenstveno je postavljena na osnovi kliničkog pregleda, karakteristične ultrazvučne slike štitnjače (nehomogeno i često hipoehogeno tkivo štitnjače) i krvnih koncentracija hormona i protutijela štitnjače (TPOAt i TgAt), slijedeći preporuke i smjernice Europske udruge za štitnjaču. Analiza povezanosti između 8.6 milijuna genetskih varijanti i HT-a provedena je uporabom modela linearne regresije sa slučajnim učincima, gdje je status bolesti tretiran kao kvantitativna varijabla. Trinaest najznačajnijih nezavisnih genetskih varijanti (P<10-5) odabrano je za genotipizaciju u dvije nezavisne replikacijske skupine koje su uključile ukupno 303 ispitanika oboljela od HT-a i 302 kontrole koji pripadaju osiječkoj regiji, odnosno splitskoj regiji. U završnom koraku, provedena je meta-analiza rezultata za odabrane varijante između početne skupine i replikacijskih skupina. Otkrivene su tri nove genetske varijante povezane s HT-om: rs12944194 udaljen 206 kb od SDK2 gena (P=1.8×10-6, β=-0.088, SE=0.018), rs75201096 smješten unutar GNA14 gena (P=2.41×10-5, β=-0.252, SE=0.06) i rs791903 smješten unutar IP6K3 gena (P=3.16×10-5, β=0.07, SE=0.017). Genetski rizični skor (GRS), izračunat uporabom rizičnih alela otkrivenih lokusa, objašnjava 4.82% ukupne varijabilnosti u HT-u, a ispitanici iz gornjeg GRS kvartila imaju 2.76 puta veće izglede za razvoj HT-a u usporedbi s ispitanicima iz donjeg GRS kvartila. Sva tri otkrivena lokusa po prvi put su povezana s nastankom HT-a, međutim poznato je da su genomske regije koje okružuju navedene lokuse uključene u regulaciju funkcije štitnjače i razvoj različitih autoimunih bolesti. Dodatno, uočena je zajednička genetska pozadina između HT-a i nekoliko drugih fenotipova, posebice hipotireoze, Gravesove bolesti i TPOAt-a. Zaključno, ovo istraživanje donosi nova saznanja o genetskoj podlozi HT-a i postavlja čvrste temelje za daljnja genetska istraživanja ove učestale, ali slabo istražene bolesti.