prikaz prve stranice dokumenta Razvoj potencijalnih inhibitora humanog BRD2 proteina
  Preuzmi
PDF 1.14 MB
diplomski rad
Razvoj potencijalnih inhibitora humanog BRD2 proteina
2024. urn:nbn:hr:171:247555
Kranjčević, Elena
Sveučilište u Splitu
Medicinski fakultet

Citirajte ovaj rad

Kranjčević, E. (2024). Razvoj potencijalnih inhibitora humanog BRD2 proteina (Diplomski rad). Split: Sveučilište u Splitu, Medicinski fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:171:247555

Kranjčević, Elena. "Razvoj potencijalnih inhibitora humanog BRD2 proteina." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Medicinski fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:171:247555

Kranjčević, Elena. "Razvoj potencijalnih inhibitora humanog BRD2 proteina." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Medicinski fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:171:247555

Kranjčević, E. (2024). 'Razvoj potencijalnih inhibitora humanog BRD2 proteina', Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Medicinski fakultet, citirano: 11.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:171:247555

Kranjčević E. Razvoj potencijalnih inhibitora humanog BRD2 proteina [Diplomski rad]. Split: Sveučilište u Splitu, Medicinski fakultet; 2024 [pristupljeno 11.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:171:247555

E. Kranjčević, "Razvoj potencijalnih inhibitora humanog BRD2 proteina", Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Medicinski fakultet, Split, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:171:247555

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:171:247555
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovRazvoj potencijalnih inhibitora humanog BRD2 proteina
Naslov (engleski)Development of potential inhibitors of the human BRD2 protein
AutorElena Kranjčević
MentorDario Leskur (mentor)
Član povjerenstvaAna Šešelja Perišin (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaAngela Mastelić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDario Leskur (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Splitu
Medicinski fakultet
Split
Datum i država obrane2024-10-24, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO
Farmacija
Farmacija
Sažetak
Cilj istraživanja: Otkriti nove potencijalne inhibitore humanog BRD2 proteina kako bi se koristili u terapiji liječenja tumora koji su povezani s aktivnošću ovoga proteina. Metode: U PDB-u, za analizu je odabrana struktura BRD4 u kompleksu s LANA proteinom, pri čemu je LANA protein služio kao spoj uzor. Farmakofori su identificirani u softveru Discovery Studio 2024, dok je probir molekula proveden putem mrežnog servisa ZINCPharmer. Obrada receptora izvršena je u programu Chimera, a liganda u programima Open Babel i Meeko. Molekularno sidrenje provedeno je pomoću programa AutoDock Vina na superračunalu. Sidrenje je validirano mjerenjem RMSD vrijednosti između rezultata dobivenih u programima AutoDock Vina i AutoDock4. Vizualizacija kompleksa ligand-receptor napravljena je u ChimeraX, a analiza vezanja u Discovery Studio 2024. Srčana toksičnost predviđena je korištenjem računalnog alata PRED-hERG 5.0, dok su fizikalno-kemijska svojstva liganda izračunata pomoću RDKit-a. Ligandi su rangirani prema rezultatima sidrenja, fizikalno-kemijskim svojstvima i predviđenoj kardiotoksičnosti. Rezultati: Prema farmakofornoj mapi izrađenoj na temelju vezivanja LANA proteina za ET domenu BRD4 proteina identificirano je 82 molekule potencijalnih inhibitora. Određen je afinitet vezanja za receptor, fizikalno-kemijske osobine i procijenjena kardiotoksičnost. Na temelju najpovoljnijeg afiniteta i isključenoj kardiotoksičnosti izabrano je 10 najboljih liganda koji su izdvojeni za daljnje analize. Zaključak: Identificirane su molekule potencijalnih inhibitora ET domene humanog BRD2 proteina. Ove molekule potrebno je optimizirati, sintetizirati te dobivene rezultate eksperimentalno potvrditi kako bi se potencijalno nastavio razvoj ovih lijekova i time unaprijedili terapijski postupci u liječenju raka.
Sažetak (engleski)
Objectives: To discover new potential inhibitors of the human BRD2 protein for use in tumor therapy associated with the activity of this protein. Methods: In the PDB, the structure of BRD4 in complex with the LANA protein was selected for analysis, with LANA protein serving as a reference compound. Pharmacophores were identified using Discovery Studio 2024 software, while molecule screening was conducted through the ZINCPharmer web service. The receptor was processed in Chimera, and the ligands in Open Babel and Meeko. Molecular docking was performed using AutoDock Vina on a supercomputer. Docking was validated by measuring the RMSD values between results obtained from AutoDock Vina and AutoDock4. The ligand-receptor complex was visualized in ChimeraX, and binding analysis was conducted in Discovery Studio 2024. Cardiotoxicity was predicted using the PRED-hERG 5.0 computational tool, and the ligand’s physicochemical properties were calculated using RDKit. Ligands were ranked based on docking results, physicochemical properties, and predicted cardiotoxicity. Results: Based on the pharmacophore map created from the binding of the LANA protein to the ET domain of the BRD4 protein, 82 potential inhibitors were identified. The binding affinity for the receptor, physicochemical properties, and potential cardiotoxicity were determined. Ten top ligands were chosen for further research based on their optimal affinity and absence of cardiotoxicity. Conclusion: The molecules of potential inhibitors of the human BRD2 protein have been identified. These molecules need to be optimized, synthesized, and experimentally validated in order to potentially advance the development of these drugs and improve therapeutic approaches in cancer treatment.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:171:247555
Studijski programNaziv: Farmacija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra farmacije (mag. pharm.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Datum isteka embarga: 2024-10-24
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-10-23 11:40:21